1965 m. pradžioje įkurta Vilniaus vaikų muzikos mokykla Nr. 2, 1994 m. rugsėjo 27 d. perregistruota Vilniaus Naujosios Vilnios muzikos mokyklos pavadinimu, žymi savo istorijos pradžią. Jai vadovavo Irena Palionienė (1965–1969 m.), Gytis Savickas (1970–1971 m.), Juozas Eimanavičius (1971–1973 m.), žymus dainininkas Jonas Girijotas (1973–2001 m.), profesorius Ričardas Sviackevičius (2001-2023 m.) Nuo 2023 m. mokyklos direktorės pareigose – pianistė, mokytoja metodininkė Ingrida Milašiūtė